Ένταση και διαφωνίες έχει προκαλέσει στην Ομογένεια της Κωνσταντινούπολης, η πρόσφατη απόφαση του Ευρωπαϊκού Δικαστηρίου Ανθρωπίνων Δικαιωμάτων για την αποκατάσταση της περιουσίας της Μεγάλης του Γένους Σχολής.  

Η δικηγόρος της Μεγάλης του Γένους Σχολής κ. Γκιουλτέν Αλκάν, που κέρδισε και την υπόθεση στο ΕΔΑΔ , αλλά και τα μέλη του διοικητικού συμβουλίου της Σχολής, απειλούν να προσφύγουν στα δικαστήρια αν ο πρόεδρος ενός άλλου μεγάλου Ιδρύματος της ομογένειας, του «Ιδρύματος Μπαλουκλή», κ. Δημήτρης Καραγιάννης δεν ανακαλέσει τις κατηγορίες περί «προδοσίας» που εκτόξευσε εναντίον τους.  

Ο κ. Καραγιάννης σε συνέντευξή του στην εφημερίδα «Χουριέτ» κατηγόρησε για «προδοσία», αυτούς που προσέφυγαν στο ΕΔΑΔ και εξασφάλισαν την αποκατάσταση των περιουσιών των ιδρυμάτων που διοικούν.   «Εγώ δεν ταυτίζομαι με τους ξένους. Αυτό είναι ένα τουρκικό ίδρυμα. Εγώ δεν μπορώ να μηνύσω τη δική μου κυβέρνηση στους ξένους. Δεν πρόκειται να ζητήσω δικαιώματα από ξένους. Είμαι Μαυροθαλασσίτης και δεν μου αρέσουν τέτοια πράγματα. Έχω εμπιστοσύνη στα δικαστήρια του κράτους, στον Άρειο Πάγο και στο κράτος μου», είπε στην εφημερίδα.  

Επί της προεδρίας του, τα τελευταία 15 χρόνια το Μπαλουκλή έχασε πολλές δεκάδες ακίνητα, ενώ ο κ. Καραγιάννης έχει συχνά κατηγορηθεί για «αδιαφανή» διαχείριση της τεράστιας περιουσίας του Μπαλουκλή.   Τελευταία, είχε εναντιωθεί και στην απόφαση πολλών ιδρυμάτων της Ομογένειας να προχωρήσουν σε εκλογές για την ανανέωση των διοικήσεων των ιδρυμάτων. Ο κ. Καραγιάννης και το συμβούλιο του, όπως και τα περισσότερα από τα συμβούλια των Ομογενειακών ιδρυμάτων είχαν εκλεγεί πριν 16 χρόνια, το 1991.

 Έκτοτε η τουρκική διοίκηση δεν είχε επιτρέψει τη διεξαγωγή νέων εκλογών. Όταν όμως ο νόμος άλλαξε και η διεξαγωγή νέων εκλογών έγινε δυνατή, πολλά ιδρύματα κινήθηκαν για να ανανεώσουν τις διοικήσεις τους.   Η διοίκηση του Μπαλουκλή εξέδωσε ανακοινώσεις με τις οποίες επέμεινε ότι δεν χρειάζονται εκλογές και ότι αντίθετα πρέπει να παραμείνει «για να ολοκληρώσει το έργο» που έχει αναλάβει.   Η σύγκρουση αποκαλύπτει την ύπαρξη δύο διαφορετικών τάσεων στην Ομογένεια, όπως αναφέρουν στελέχη της.

Η τάση που κυριαρχούσε μέχρι σήμερα, διαχειριζόταν τα ομογενειακά ζητήματα και κυρίως τις μεγάλες περιουσίες των ιδρυμάτων με τρόπο που αποδείχθηκε εντελώς αναποτελεσματικός για τα συμφέροντα των ιδρυμάτων και της Ομογένειας.   Μια διαφορετική αντίληψη για τη διαχείριση των ζητημάτων της ελληνικής κοινότητας, στηρίχθηκε στη διεκδίκηση απόλυτης ισοπολιτείας και στην προσφυγή στη δικαιοσύνη όσων κινήσεων, από όπου και αν προέρχονταν, ήταν δυσμενείς για τις περιουσίες και τα συμφέροντα των ομογενειακών ιδρυμάτων. Η δεύτερη μέθοδος αποδείχθηκε αποτελεσματική, με την απόφαση του ΕΔΑΔ.